ISSN 1812-3368. ȼɟɫɬɧɢɤ ɆȽɌɍ ɢɦ. ɇ.ɗ. Ȼɚɭɦɚɧɚ. ɋɟɪ. «ȿɫɬɟɫɬɜɟɧɧɵɟ ɧɚɭɤɢ». 2012
153
ɂɡ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɨɝɨ ɫɩɟɤɬɪɚ (ɪɢɫ. 4,
ɛ
)
ɷɬɨɝɨ ɪɚɣɨɧɚ ɩɨɥɭɱɟɧɚ
ɨɰɟɧɤɚ ɩɟɪɢɨɞɚ ɫɤɪɵɬɨɣ ɩɪɨɮɢɥɶɧɨɣ ɩɟɪɢɨɞɢɱɧɨɫɬɢ
9
L
.
Ƚɢɩɨɬɟɡɚ
ɨ ɧɚɥɢɱɢɢ ɫɤɪɵɬɨɣ
L
-
ɩɪɨɮɢɥɶɧɨɫɬɢ ɜ ɚɧɚɥɢɡɢɪɭɟɦɨɦ ɪɚɣɨɧɟ ɨɬ-
ɜɟɪɝɚɟɬɫɹ, ɟɫɥɢ
3
L
(
ɪɢɫ. 4,
ɜ
),
ɢ ɩɪɢɧɢɦɚɟɬɫɹ, ɟɫɥɢ
9
L
(
ɪɢɫ. 4,
ɝ
).
Ɉɬɦɟɬɢɦ, ɱɬɨ ɜ ɷɬɨɦ ɪɚɣɨɧɟ ɢɡɜɟɫɬɧɚɹ ɩɪɨɝɪɚɦɦɚ TRF (Tandem Re-
peats Finding) [8] ɧɟ ɜɵɹɜɢɥɚ ɧɢ ɨɞɧɨɝɨ ɬɚɧɞɟɦɧɨɝɨ ɩɨɜɬɨɪɚ. ɋɥɟɞɨ-
ɜɚɬɟɥɶɧɨ, ɫɨɝɥɚɫɧɨ [5, 6], ɜ ɧɟɦ ɧɚɛɥɸɞɚɟɬɫɹ ɜɫɟɝɨ ɥɢɲɶ ɫɤɪɵɬɚɹ
9-
ɩɪɨɮɢɥɶɧɨɫɬɶ.
Ʉɪɢɬɟɪɢɣ ɧɚɥɢɱɢɹ 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ ɜ ɩɨɫɥɟɞɨɜɚɬɟɥɶɧɨɫɬɢ
ȾɇɄ.
Ɋɚɡɨɛɶɟɦ ɨɛɥɚɫɬɶ ɨɩɪɟɞɟɥɟɧɢɹ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɨɝɨ ɫɩɟɤɬɪɚ
ɚɧɚɥɢɡɢɪɭɟɦɨɝɨ ɪɚɣɨɧɚ ȾɇɄ ɧɚ ɩɨɫɥɟɞɨɜɚɬɟɥɶɧɵɟ ɬɪɨɣɤɢ ɬɟɫɬ-
ɩɟɪɢɨɞɨɜ. Ⱦɥɹ ɤɚɠɞɨɣ ɬɚɤɨɣ ɬɪɨɣɤɢ ɬɟɫɬ-ɩɟɪɢɨɞɭ ɫ ɦɚɤɫɢɦɚɥɶɧɵɦ
ɡɧɚɱɟɧɢɟɦ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɨɝɨ ɫɩɟɤɬɪɚ ɫɬɚɜɢɬɫɹ ɜ ɫɨɨɬɜɟɬɫɬɜɢɟ ɟɞɢ-
ɧɢɰɚ, ɞɜɭɦ ɨɫɬɚɥɶɧɵɦ — ɧɭɥɢ. ȼ ɪɟɡɭɥɶɬɚɬɟ ɨɛɪɚɡɭɟɬɫɹ ɛɢɧɚɪɧɚɹ
ɫɬɪɨɤɚ ɢɡ ɧɭɥɟɣ ɢ ɟɞɢɧɢɰ, ɬ. ɟ. ɬɟɤɫɬɨɜɚɹ ɫɬɪɨɤɚ
str
ɜ ɚɥɮɚɜɢɬɟ
0,1
A
ɪɚɡɦɟɪɚ
2
K
.
ɗɬɚ ɫɬɪɨɤɚ ɫɪɚɜɧɢɜɚɟɬɫɹ ɫ ɫɨɜɟɪɲɟɧɧɨɣ ɩɟ-
ɪɢɨɞɢɱɟɫɤɨɣ ɫɬɪɨɤɨɣ ɬɨɣ ɠɟ ɞɥɢɧɵ, ɩɚɬɬɟɪɧ ɩɟɪɢɨɞɢɱɧɨɫɬɢ ɤɨɬɨɪɨɣ
ɢɦɟɟɬ ɜɢɞ 001. ɂɧɞɟɤɫɨɦ 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ ɚɧɚɥɢɡɢɪɭɟɦɨɣ ɩɨɫɥɟɞɨɜɚ-
ɬɟɥɶɧɨɫɬɢ
I
3
ɧɚɡɵɜɚɟɬɫɹ ɱɢɫɥɨ, ɪɚɜɧɨɟ ɨɬɧɨɲɟɧɢɸ ɤɨɥɢɱɟɫɬɜɚ ɫɨɜɩɚ-
ɞɟɧɢɣ ɤɨɦɩɨɧɟɧɬ ɫɨɜɟɪɲɟɧɧɨɣ ɩɟɪɢɨɞɢɱɟɫɤɨɣ ɫɬɪɨɤɢ ɢ ɛɢɧɚɪɧɨɣ
ɫɬɪɨɤɢ
str
ɤ ɞɥɢɧɟ ɚɧɚɥɢɡɢɪɭɟɦɨɣ ɩɨɫɥɟɞɨɜɚɬɟɥɶɧɨɫɬɢ ȾɇɄ. ȿɫɥɢ
ɢɧɞɟɤɫ 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ
3
0, 7,
I
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ɬɨ ɫɱɢɬɚɟɦ, ɱɬɨ ɜ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟ-
ɫɤɨɦ ɫɩɟɤɬɪɟ ɧɚɛɥɸɞɚɟɬɫɹ 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɶ. ɇɚɩɪɢɦɟɪ, ɫɨɝɥɚɫɧɨ ɬɚ-
ɤɨɦɭ ɤɪɢɬɟɪɢɸ, ɜ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɢɯ ɫɩɟɤɬɪɚɯ ɧɚ ɪɢɫ. 2,
ɚ
ɢ
ɪɢɫ. 3,
ɛ
,
ɝ
,
ɟ
,
ɫɨɨɬɜɟɬɫɬɜɭɸɳɢɯ ɤɨɞɢɪɭɸɳɢɦ ɪɚɣɨɧɚɦ, ɧɚɛɥɸɞɚɟɬɫɹ
3-
ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɶ. ȼ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɨɦ ɫɩɟɤɬɪɟ ɧɚ ɪɢɫ. 2,
ɛ
,
ɫɨɨɬɜɟɬ-
ɫɬɜɭɸɳɟɦ ɩɨɫɥɟɞɨɜɚɬɟɥɶɧɨɫɬɢ ɢɧɬɪɨɧɚ, 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɶ ɧɟ ɜɵɹɜɥɹɟɬ-
ɫɹ. Ⱦɥɹ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɢɯ ɫɩɟɤɬɪɨɜ ɧɚ ɪɢɫ. 2,
ɚ
ɢ ɪɢɫ. 3,
ɛ
3-
ɪɟ-
ɝɭɥɹɪɧɨɫɬɶ ɨɱɟɜɢɞɧɚ. ɇɚɥɢɱɢɟ 3-ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ ɜ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɢɯ
ɫɩɟɤɬɪɚɯ ɧɚ ɪɢɫ. 3,
ɝ
ɢ ɪɢɫ. 3,
ɟ
ɩɨɞɬɜɟɪɠɞɚɟɬɫɹ ɡɧɚɱɟɧɢɹɦɢ ɢɧɞɟɤɫɨɜ
3-
ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ
3
0,87
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ɢ
3
0, 78
I
ɫɨɨɬɜɟɬɫɬɜɟɧɧɨ. Ɉɬɫɭɬɫɬɜɢɟ
3-
ɪɟɝɭɥɹɪɧɨɫɬɢ ɜ ɯɚɪɚɤɬɟɪɢɫɬɢɱɟɫɤɨɦ ɫɩɟɤɬɪɟ ɧɚ ɪɢɫ. 2,
ɛ
ɫɥɟɞɭɟɬ ɢɡ
ɡɧɚɱɟɧɢɹ ɢɧɞɟɤɫɚ
3
0, 42 0, 7
I
ɷɬɨɝɨ ɫɩɟɤɬɪɚ.
Ɋɟɡɭɥɶɬɚɬɵ ɢ ɨɛɫɭɠɞɟɧɢɟ.
ȼ ɧɚɫɬɨɹɳɟɣ ɪɚɛɨɬɟ ɫɩɟɤɬɪɚɥɶɧɨ-
ɫɬɚɬɢɫɬɢɱɟɫɤɢɣ ɩɨɞɯɨɞ [4—6] ɛɵɥ ɢɫɩɨɥɶɡɨɜɚɧ ɞɥɹ ɜɵɹɜɥɟɧɢɹ
ɫɬɪɭɤɬɭɪɧɵɯ ɪɚɡɥɢɱɢɣ ɤɨɞɢɪɭɸɳɢɯ (CDS) ɢ ɧɟɤɨɞɢɪɭɸɳɢɯ ɪɚɣɨ-
ɧɨɜ (ɢɧɬɪɨɧɨɜ) ɩɨɫɥɟɞɨɜɚɬɟɥɶɧɨɫɬɟɣ ȾɇɄ ɝɟɧɨɦɚ ɱɟɥɨɜɟɤɚ. ɑɬɨɛɵ
ɭɫɬɚɧɨɜɢɬɶ ɬɢɩɢɱɧɵɟ ɨɫɨɛɟɧɧɨɫɬɢ ɫɬɪɭɤɬɭɪɵ ɤɨɞɢɪɭɸɳɢɯ ɪɚɣɨɧɨɜ,
ɢɡ 25 704 CDS ɛɚɡɵ ɞɚɧɧɵɯ KEGG-54,1 [9] ɛɵɥɢ ɫɮɨɪɦɢɪɨɜɚɧɵ ɞɜɟ
ɜɵɛɨɪɤɢ. ȼ ɩɟɪɜɨɣ, ɫɩɟɰɢɚɥɶɧɨɣ, ɜɵɛɨɪɤɟ ɛɵɥɢ ɫɨɛɪɚɧɵ 17 652 CDS
ɛɟɥɤɨɜ ɫ ɞɨɫɬɨɜɟɪɧɨ ɢɫɫɥɟɞɨɜɚɧɧɵɦɢ ɮɢɡɢɤɨ-ɯɢɦɢɱɟɫɤɢɦɢ ɫɜɨɣɫɬɜɚ-